Próbuję zbudować błyszczącą aplikację, aby pokazać przypadki COVID-19 na 10 najgorszych krajów dotkniętych odświeżanymi codziennie z witryny ECDC. Chcę być w stanie ograniczyć przypadki i zgony za pomocą Suwaków wejść, i wybierz okresy daty z wejściami datowanymi (wszystkie już dodane). Kod jest poniżej, ale kiedy uruchomię aplikację, otrzymuję pustą działkę, oś są wyświetlane prawidłowo, ale nie mogę pojawić się punktów. Powinno to być w stanie uruchomić na dowolnym komputerze, ponieważ kod pobiera po prostu dane ustawione z strony ECDC. Jakieś rozwiązania?

library(shiny)
library(readxl)
library(dplyr)
library(httr)
library(ggplot2)
library(plotly)

url <- paste("https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-geographic-disbtribution-worldwide-",format(Sys.time(), "%Y-%m-%d"), ".xlsx", sep = "")

GET(url, authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext = ".xlsx")))

data <- read_excel(tf)

include<-c("United_Kingdom","Italy","France","China",
           "United_States_of_America","Spain","Germany",
           "Iran","South_Korea","Switzerland")
ui <- fluidPage(

    titlePanel("COVID-19 Daily Confirmed Cases & Deaths"),

    sidebarLayout(
        sidebarPanel(
            checkboxGroupInput("Country", "Select Country", selected = NULL, inline = FALSE,
                         width = NULL),
            dateRangeInput("DateRep","Select Date Range", start = "2019-12-31", end = NULL),
            sliderInput("Cases","Select Cases Range", min = 1, max = 20000, value = NULL),
            sliderInput("Deaths", "Select Death Range", min = 1, max = 10000, value = 100),
            submitButton("Refresh")


        ),

        mainPanel(
           plotOutput("plot")
        )
    )
)

server <- function(input, output) {

    output$plot <- renderPlot({

        include<-input$Country

        plot_data<-filter(data, `Countries and territories` %in% include)%>%
            filter(between(input$Cases))

        plot_data%>% ggplot(aes(x=input$DateRep, y=input$Cases, size =input$Deaths, color = input$Country)) +
            geom_point(alpha=0.5) +
            theme_light()

    })
}

shinyApp(ui = ui, server = server)
1
jjgg112244 23 marzec 2020, 18:11

2 odpowiedzi

Najlepsza odpowiedź

Myślę, że lepiej byłoby zdefiniować i filtrować dane, które chcesz wykresować w ekspresji reactive poza renderPlot. Pozwoli Ci łatwiej korzystać z tych danych i łatwiejsze (z mojego punktu widzenia) do użycia ggplot bez wejść bezpośrednio w nim.

Uwzględniam as.Date(DateRep) >= input$DateRep[1] & as.Date(DateRep) <= input$DateRep[2]) w filter, aby wybrać interwał między dwoma wybranymi datami. Ponieważ kolumna DateRep ma format POSIXct, musisz użyć as.Date, aby konwertować go do formatu dateRangeInput produkuje.

Oto wynik:

library(shiny)
library(readxl)
library(dplyr)
library(httr)
library(ggplot2)
library(plotly)

url <- paste("https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-geographic-disbtribution-worldwide-",format(Sys.time(), "%Y-%m-%d"), ".xlsx", sep = "")

GET(url, authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext = ".xlsx")))

data <- read_excel(tf)

include<-c("United_Kingdom","Italy","France","China",
           "United_States_of_America","Spain","Germany",
           "Iran","South_Korea","Switzerland")
ui <- fluidPage(

  titlePanel("COVID-19 Daily Confirmed Cases & Deaths"),

  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      checkboxGroupInput("Country", "Select Country", choices = include, selected = "France"),
      dateRangeInput("DateRep","Select Date Range", start = "2019-12-31", end = NULL),
      sliderInput("Cases","Select Cases Range", min = 1, max = 20000, value = NULL),
      sliderInput("Deaths", "Select Death Range", min = 1, max = 10000, value = 100),
      submitButton("Refresh")

    ),

    mainPanel(
      plotOutput("plot")
    )
  )
)

server <- function(input, output) {

  plot_data <- reactive({
    filter(data, `Countries and territories` %in% input$Country 
           & as.Date(DateRep) >= input$DateRep[1]
           & as.Date(DateRep) <= input$DateRep[2]) %>%
       filter(between(Cases, 1, input$Cases))
  })

  output$plot <- renderPlot({
    plot_data() %>% 
      ggplot(aes(x = as.Date(DateRep), y= Cases, size = Deaths, color = `Countries and territories`)) +
      geom_point(alpha=0.5) +
      theme_light()
  })
}

shinyApp(ui = ui, server = server)

enter image description here

0
bretauv 23 marzec 2020, 18:46

Zacząłem to naprawić, ale zabrakło mi czasu ... więc oto co zrobiłem, może możesz to ukończyć ...

library(shiny)
library(readxl)
library(dplyr)
library(httr)
library(ggplot2)
library(plotly)

url <- paste("https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/COVID-19-geographic-disbtribution-worldwide-",format(Sys.time(), "%Y-%m-%d"), ".xlsx", sep = "")

GET(url, authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext = ".xlsx")))

data <- read_excel(tf)

ui <- fluidPage(

  titlePanel("COVID-19 Daily Confirmed Cases & Deaths"),

  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      uiOutput("country_checkbox"),
      dateRangeInput("DateRep","Select Date Range", start = "2019-12-31", end = NULL),
      sliderInput("Cases","Select Cases Range", min = 1, max = 20000, value = NULL),
      sliderInput("Deaths", "Select Death Range", min = 1, max = 10000, value = 100)
      #submitButton("Refresh")


    ),

    mainPanel(
      plotOutput("plot")
    )
  )
)

server <- function(input, output) {

  output$country_checkbox <- renderUI({
    countries <- unique(data.frame(data)[, "Countries.and.territories"])
    checkboxGroupInput("country", "Select Country", 
                       choices = countries,
                       selected = NULL, inline = FALSE,
                       width = NULL)
  })

  output$plot <- renderPlot({

    include<-input$country

    plot_data<-filter(data, `Countries and territories` %in% include)%>%
      filter(between(Cases, 1, input$Cases))

    plot_data%>% ggplot(aes(x=DateRep, y=Cases, size =Deaths, color = `Countries and territories`)) +
      geom_point(alpha=0.5) +
      theme_light()

  })
}

shinyApp(ui = ui, server = server)
0
cory 23 marzec 2020, 17:52