Efektywny sposób wymiany wartości w matrycy (R)

Mam dużą matrycę (m) i chcę zastąpić wartości w matrycy (m), które pasują do wartości przechowywanych w wektorach (wartości_to_bebe_placed) przez nowe wartości (New_values). My Wektory są sami przechowywane w dataframe, więc mogę pętla nad dataframe, aby uzyskać wektory, a następnie sprawdzić, czy wartości macierzy są zawarte w wektory. Poniższy kod robi to, co ma zrobić, ale jest to zbyt wolno dla moich danych wejściowych. Moje oryginalne dane to macierzy z 4600 rzędami i 5900 kolumnami, a największe z moich 750 wektorów zawiera> 6 milionów numerów do porównania.

Myślę, że istnieje bardziej skuteczny sposób, aby to zrobić i przyspieszyć czas obliczeniowy. Czy ktoś może pomóc mi to zrozumieć? (Mam dużo -9999 wartości w mojej matrycy, więc pomijanie ich może poprawić czas obliczeniowy, ale prawdopodobnie nie wystarczy)

Oto przykład napisany w R:

library("dplyr")
## setting up the input dataframe
df<-setNames(data.frame(matrix(ncol = 4, nrow = 50)), c("ids", "var1", "var2", "var3"))
df$ids<-seq(1, 50,1)
df$var1<-rep(c(2, 4, 2, 1, 3, 5,1, 1,1, 6), each = 5)
df$var2<-rep(c(2, 4, 2, 1, 3, 5,1, 1,1, 6), each = 5)
df$var3<-rep(c(2, 4, 2, 1, 3, 5,1, 1,1, 6), each = 5)

##summarizing it by variables and ids
df<-df%>%
  group_by(var1, var2, var3)%>%
  summarise(ids=toString(ids))%>%data.frame()

##giving a new value by which values in matrix should be replaced
df$new_values<-c("101", "102", "103", "104", "105", "106")

##setting up a matrix
m = matrix( c(16, -9999,17, -9999, 18), nrow=5,  ncol=10, byrow = TRUE)        # fill matrix by rows 

##looping over dataframe
y<-0
for (i in 1:length(df$ids)) {
  values_to_be_replaced<-strsplit(df$ids[i], ",")
  values_to_be_replaced<-unlist(values_to_be_replaced, use.names=FALSE)
  values_to_be_replaced<-gsub(" ", "", values_to_be_replaced, fixed = TRUE)
  print(values_to_be_replaced)
  print(i)
  #print(length(values_to_be_replaced))
  m<-apply(m, 1:2, function(x) ifelse(x %in% values_to_be_replaced, df$new_values[i], x))
  #print(values_to_be_replaced)
  y<-y+1
}